Opis książki: Genomics in the Azure Cloud
This practical guide bridges the gap between general cloud computing architecture in Microsoft Azure and scientific computing for bioinformatics and genomics. You'll get a solid understanding of the architecture patterns and services that are offered in Azure and how they might be used in your bioinformatics practice. You'll get code examples that you can reuse for your specific needs. And you'll get plenty of concrete examples to illustrate how a given service is used in a bioinformatics context.
You'll also get valuable advice on how to:
- Use enterprise platform services to easily scale your bioinformatics workloads
- Organize, query, and analyze genomic data at scale
- Build a genomics data lake and accompanying data warehouse
- Use Azure Machine Learning to scale your model training, track model performance, and deploy winning models
- Orchestrate and automate processing pipelines using Azure Data Factory and Databricks
- Cloudify your organization's existing bioinformatics pipelines by moving your workflows to Azure high-performance compute services
- And more
Wybrane bestsellery
-
Trzech poważanych architektów oprogramowania omawia cały cykl życia, prezentując praktyczne wskazówki, metody stosowane przez ekspertów i sprawdzone modele przydatne w każdym projekcie niezależnie od poziomu jego złożoności. Dowiesz się, jak za pomocą architektury radzić sobie z coraz większymi w...
Architektura oprogramowania w praktyce. Wydanie IV Architektura oprogramowania w praktyce. Wydanie IV
(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)64.35 zł
99.00 zł(-35%) -
W tym wyczerpującym i praktycznym przewodniku opisano, jak działają kontenery Kubernetes, jak je budować i nimi zarządzać oraz jak projektować usługi i infrastrukturę cloud native. Wyjaśniono różnice między budowaniem swoich klastrów a korzystaniem z usług zarządzanych takich firm jak Amazon, Goo...
Kubernetes - rozwiązania chmurowe w świecie DevOps. Tworzenie, wdrażanie i skalowanie nowoczesnych aplikacji chmurowych Kubernetes - rozwiązania chmurowe w świecie DevOps. Tworzenie, wdrażanie i skalowanie nowoczesnych aplikacji chmurowych
(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)44.85 zł
69.00 zł(-35%) -
Ta książka pomoże Ci w uzyskaniu certyfikatu profesjonalisty Google (GCP) w specjalności architekta chmury Google. Znajdziesz tu wszystkie niezbędne materiały, dzięki którym przygotujesz się do egzaminu. Swoją wiedzę będziesz mógł skontrolować za pomocą stu przykładowych pytań sprawdzających. Jeś...
Google Cloud Certified Professional Cloud Architect. Wprowadzenie do platformy i materiały egzaminacyjne. Wydanie II Google Cloud Certified Professional Cloud Architect. Wprowadzenie do platformy i materiały egzaminacyjne. Wydanie II
(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)57.85 zł
89.00 zł(-35%) -
Dzięki tej książce dowiesz się, jak sobie z tym poradzić. Znalazło się w niej krótkie wprowadzenie do Pythona oraz do automatyzacji przetwarzania tekstu i obsługi systemu plików, a także do pisania własnych narzędzi wiersza poleceń. Zaprezentowano również przydatne narzędzia linuksowe, systemy za...
Python dla DevOps. Naucz się bezlitośnie skutecznej automatyzacji Python dla DevOps. Naucz się bezlitośnie skutecznej automatyzacji
(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)57.85 zł
89.00 zł(-35%) -
To książka przeznaczona dla osób, które chcą poszerzyć swoją wiedzę i umiejętności potrzebne do pracy z klastrami. Omówiono tu podstawy dotyczące konteneryzacji, Dockera i Kubernetesa, jednak więcej miejsca poświęcono bardziej zaawansowanym zagadnieniom, między innymi integracji kontenera z platf...
Kubernetes i Docker w środowisku produkcyjnym przedsiębiorstwa. Konteneryzacja i skalowanie aplikacji oraz jej integracja z systemami korporacyjnymi Kubernetes i Docker w środowisku produkcyjnym przedsiębiorstwa. Konteneryzacja i skalowanie aplikacji oraz jej integracja z systemami korporacyjnymi
(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)64.35 zł
99.00 zł(-35%) -
Systemy informatyczne oparte na chmurze stały się atrakcyjną alternatywą dla standardowej infrastruktury. Wymusiły jednak radykalne zmiany w praktykach tworzenia, wdrażania i utrzymywania aplikacji. Dziś uwaga profesjonalistów skupiona jest na Kubernetes, który w ciągu zaledwie kilku lat stał się...
Najlepsze praktyki w Kubernetes. Jak budować udane aplikacje Najlepsze praktyki w Kubernetes. Jak budować udane aplikacje
Brendan Burns, Eddie Villalba, Dave Strebel, Lachlan Evenson
(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)38.35 zł
59.00 zł(-35%) -
Platformy chmurowe i oferowane przez nie usługi przebojem zdobyły serca całych rzesz programistów i inwestorów IT, którzy cenią sobie nie tylko ich wysoką skalowalność, niezawodność i bezpieczeństwo, lecz również stosunkowo niskie koszty, wygodę używania oraz możliwości szybkiego uruchamiania i u...
-
The ability to administer and monitor a Kubernetes cluster is in high demand today. To meet this need, the Cloud Native Computing Foundation developed a certification exam to establish an administrator's credibility and value in the job market to confidently work in a Kubernetes environment.The C...
Certified Kubernetes Administrator (CKA) Study Guide Certified Kubernetes Administrator (CKA) Study Guide
(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)203.15 zł
239.00 zł(-15%) -
To praktyczny przewodnik dla inżynierów, którzy chcą planować i wdrażać usługi Amazon Web Services. Przyda się również osobom planującym zdobycie certyfikatu AWS. Przedstawiono tu zasady pracy zgodne z najlepszymi praktykami Well-Architected Framework firmy Amazon, wprowadzono kluczowe koncepcje,...
Amazon Web Services. Podstawy korzystania z chmury AWS Amazon Web Services. Podstawy korzystania z chmury AWS
(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)57.85 zł
89.00 zł(-35%) -
Ta książka jest przeznaczona dla osób zajmujących się automatyzacją — od żmudnych codziennych zadań po złożone wdrożenia infrastruktury jako kodu. Ten praktyczny przewodnik pozwoli na sprawne rozpoczęcie korzystania z frameworka Ansible 2.9. Na początku pokazano, jak go zainstalować i skonf...
Ansible 2 w praktyce. Automatyzacja infrastruktury, zarządzanie konfiguracją i wdrażanie aplikacji Ansible 2 w praktyce. Automatyzacja infrastruktury, zarządzanie konfiguracją i wdrażanie aplikacji
(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)51.35 zł
79.00 zł(-35%)
Ebooka przeczytasz na:
-
czytnikach Inkbook, Kindle, Pocketbook i innych
-
systemach Windows, MacOS i innych
-
systemach Windows, Android, iOS, HarmonyOS
-
na dowolnych urządzeniach i aplikacjach obsługujących formaty: PDF, EPub, Mobi
Masz pytania? Zajrzyj do zakładki Pomoc »
Audiobooka posłuchasz:
-
w aplikacji Ebookpoint na Android, iOS, HarmonyOs
-
na systemach Windows, MacOS i innych
-
na dowolonych urządzeniach i aplikacjach obsługujących format MP3 (pliki spakowane w ZIP)
Masz pytania? Zajrzyj do zakładki Pomoc »
Kurs Video zobaczysz:
-
w aplikacji Ebookpoint na Android, iOS, HarmonyOs
-
na systemach Windows, MacOS i innych
-
na dowolonych urządzeniach i aplikacjach obsługujących format MP4 (pliki spakowane w ZIP)
Szczegóły książki
- ISBN Ebooka:
- 978-10-981-3900-1, 9781098139001
- Data wydania ebooka:
-
2022-11-14
Data wydania ebooka często jest dniem wprowadzenia tytułu do sprzedaży i może nie być równoznaczna z datą wydania książki papierowej. Dodatkowe informacje możesz znaleźć w darmowym fragmencie. Jeśli masz wątpliwości skontaktuj się z nami sklep@helion.pl.
- Język publikacji:
- angielski
- Rozmiar pliku ePub:
- 19.5MB
- Rozmiar pliku Mobi:
- 33.4MB
- Kategorie:
Programowanie » Programowanie w chmurze
Spis treści książki
- Preface
- Who Should Read This Book
- How the Book Is Organized
- Software and Hardware Requirements
- Code Conventions and Downloads
- Conventions Used in This Book
- Using Code Examples
- OReilly Online Learning
- How to Contact Us
- Acknowledgments
- 1. Essentials of Cloud Architecture
- Cloud Horsepower
- Considerations for the Cloud
- I have to move everything to the cloud at once.
- The cloud is always cheaper/more expensive.
- Our IT security team can manage security better.
- Considerations for the Cloud
- Three Benefits of the Cloud
- Collaboration
- Scalability
- Automation
- Cloud Horsepower
- Types of Cloud Services
- Infrastructure Services
- Example: Genomics Data Science Virtual Machine
- Infrastructure Services
- Platform Services
- Example: Azure database for PostgreSQL
- Software Services
- Azure Environment Organization
- Getting an Azure Account
- Welcome to the Azure Portal
- Setting Up a Resource Group
- Creating Resources
- Free Services
- Basics of the Bioinformatics Workflow
- Primary Analysis
- FASTA
- FASTQ
- Primary Analysis
- Secondary Analysis
- SAM (and BAM)
- VCF
- Tertiary Analysis
- Other Analyses
- Other File Formats
- GEN (and BGEN)
- GFF
- PDB
- 2. Organizing Genomics Data with Data Lakes
- Organizing Your Genomics Data
- Going for Bronze, Silver, and Gold
- Bronze (raw)
- Silver (staging/intermediate)
- Gold (curated)
- Going for Bronze, Silver, and Gold
- Letting Your Bioinformatics Workflow Dictate Your Data Lake Organization
- Planning for -omics and Non-omics Data Together
- Study, subject, and sample directories
- Organizing Your Genomics Data
- Creating a Data Lake with Azure Storage
- Blob Storage Versus Data Lake Storage
- About the hierarchical namespace
- Blob Storage Versus Data Lake Storage
- Balancing Costs Versus Performance in Data Storage
- The Goldilocks Method of Storage Tiers
- Cost breakdown
- The Goldilocks Method of Storage Tiers
- Genomics Data Lifecycle
- Using Azure Storage Explorer
- Lifecycle rules
- Managing Access Inside the Lake
- Role-Based Access Control
- Access-Control Lists
- Azure Open Datasets for Genomics
- 3. Querying Variant Data in SQL
- Building a Genomics Data Warehouse
- Example: Lab Results
- Data Warehouse Architecture for Genomics
- Variant data warehouse
- Building a Genomics Data Warehouse
- Azure Synapse Analytics
- Creating an Azure Synapse Analytics Workspace
- Registering Services in Subscriptions
- Getting to Work in the Synapse Workspace
- Using Open Row Sets
- Creating External Tables
- Did Someone Say Pool Party?
- Serverless SQL pools
- Dedicated SQL pools
- Serverless Spark pools
- Pool cost considerations
- Connecting to More Data Sources
- Azure SQL DB
- Creating a Database in Azure SQL DB
- Elastic pools
- Provisioned and Serverless compute
- Creating a Database in Azure SQL DB
- Relaxing at Your Genomics Data Lakehouse
- Efficient File Formats
- Parquet to the floor
- ACIDity
- Changing the tides with Delta
- Efficient File Formats
- 4. Orchestrating Data Movement and Transformation
- Creating Your Data Factory
- Getting Started with Data Movement
- Getting Data into Your Data Lake Using the Copy Data Tool
- Linking to NCBIs FTP Server
- Transforming Data Using Data Flows
- Parsing a VCF file with a data flow
- Building and Triggering Pipelines for Automation
- 5. Azure Databricks (and Apache Spark)
- Introduction to Apache Spark and Databricks
- Setting Up an Azure Databricks Workspace
- Connecting Databricks to Your Data Lake
- Processing Variant Data with the Glow Package
- Exploring DataFrames
- Filtering to Chromosome Coordinates
- Count of variants by chromosome
- Automating Variant Data Processing
- Orchestrating a Databricks Notebook from Data Factory
- Access tokens
- Creating the pipeline
- Orchestrating a Databricks Notebook from Data Factory
- A Brief Interlude About Distributed File Formats
- Parquet
- Delta
- Using Other Tools in Databricks
- Single-Node Bioinformatics Tools
- Koalas
- Pandas on Spark
- Hail
- 6. Azure Machine Learning
- How to Scale Machine Learning Tasks
- Creating an Azure Machine Learning Workspace
- Training a Drug Sensitivity Model
- Creating a Compute Instance in Azure Machine Learning Studio
- Datastores and Datasets
- About the data
- Experimenting with Cluster-Based Training
- Automating Model Training with AutoML
- Explainable Machine Learning
- Using Azure Machine Learning Not for Machine Learning
- Performing Alignment in a Notebook
- Custom Docker Images for Bioinformatics
- 7. High-Performance Computing and Other Compute Services
- Bring Your Own Pipeline (BYOP)
- Why Azure for HPC?
- Bring Your Own Pipeline (BYOP)
- Azure Batch
- Scaling Workloads with Cromwell
- Running your first workflow
- Scaling Workloads with Cromwell
- Azure CycleCloud
- Setting Up CycleCloud Clusters
- Creating a cluster for bioinformatics
- Setting Up CycleCloud Clusters
- Microsoft Genomics
- Alignment and Variant Calling with the msgen Package
- 8. Deployment, Security, Compliance, and Potpourri
- Automating the Deployment of Cloud Resources
- Dev, Staging, and Prod
- Lifting Your Deployment with ARMs and Biceps
- Bicep
- Automating the Deployment of Cloud Resources
- Security Planning
- Azure Active Directory
- Roles and groups
- Azure Active Directory
- Role-Based Access Controls and Access-Control Lists
- Compliance
- HIPAA, HITECH, and HITRUST
- GDPR
- HIPAA, HITECH, and HITRUST
- Azure Blueprints
- Cost Considerations
- Azure Pricing Calculator
- Retail Pricing Versus Enterprise Agreements
- Budgeting Examples
- Quota Problems
- Please, Sir, Can I Have Some More (vCPUs)?
- Getting General Support
- Conclusion
- Looking Backward
- Baby Azure
- Looking Backward
- What Else?
- Using Other Web-Based Bioinformatics Platforms
- Looking Forward
- Cheaper Sequencing = More Data
- Index
O'Reilly Media - inne książki
-
FinOps brings financial accountability to the variable spend model of cloud. Used by the majority of global enterprises, this management practice has grown from a fringe activity to the de facto discipline managing cloud spend. In this book, authors J.R. Storment and Mike Fuller outline the proce...(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)
262.65 zł
319.00 zł(-18%) -
Edge AI is transforming the way computers interact with the real world, allowing IoT devices to make decisions using the 99% of sensor data that was previously discarded due to cost, bandwidth, or power limitations. With techniques like embedded machine learning, developers can capture human intu...(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)
262.65 zł
319.00 zł(-18%) -
Why is it difficult for so many companies to get digital identity right? If you're still wrestling with even simple identity problems like modern website authentication, this practical book has the answers you need. Author Phil Windley provides conceptual frameworks to help you make sense of all ...(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)
186.15 zł
229.00 zł(-19%) -
Python was recently ranked as today's most popular programming language on the TIOBE index, thanks to its broad applicability to design and prototyping to testing, deployment, and maintenance. With this updated fourth edition, you'll learn how to get the most out of Python, whether you're a profe...(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)
296.65 zł
359.00 zł(-17%) -
With the accelerating speed of business and the increasing dependence on technology, companies today are significantly changing the way they build in-house business solutions. Many now use low-code and no code technologies to help them deal with specific issues, but that's just the beginning. Wit...
Building Solutions with the Microsoft Power Platform Building Solutions with the Microsoft Power Platform
(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)262.65 zł
319.00 zł(-18%) -
Companies are scrambling to integrate AI into their systems and operations. But to build truly successful solutions, you need a firm grasp of the underlying mathematics. This accessible guide walks you through the math necessary to thrive in the AI field such as focusing on real-world application...(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)
262.65 zł
319.00 zł(-18%) -
DevOps engineers, developers, and security engineers have ever-changing roles to play in today's cloud native world. In order to build secure and resilient applications, you have to be equipped with security knowledge. Enter security as code.In this book, authors BK Sarthak Das and Virginia Chu d...(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)
186.15 zł
229.00 zł(-19%) -
With the increasing use of AI in high-stakes domains such as medicine, law, and defense, organizations spend a lot of time and money to make ML models trustworthy. Many books on the subject offer deep dives into theories and concepts. This guide provides a practical starting point to help develop...(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)
262.65 zł
319.00 zł(-18%) -
Why are so many companies adopting GitOps for their DevOps and cloud native strategy? This reliable framework is quickly becoming the standard method for deploying apps to Kubernetes. With this practical, developer-oriented book, DevOps engineers, developers, IT architects, and SREs will learn th...(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)
262.65 zł
319.00 zł(-18%) -
Learn the essentials of working with Flutter and Dart to build full stack applications that meet the needs of a cloud-driven world. Together, the Flutter open source UI software development kit and the Dart programming language for client development provide a unified solution to building applica...(0,00 zł najniższa cena z 30 dni)
220.15 zł
269.00 zł(-18%)
Dzieki opcji "Druk na żądanie" do sprzedaży wracają tytuły Grupy Helion, które cieszyły sie dużym zainteresowaniem, a których nakład został wyprzedany.
Dla naszych Czytelników wydrukowaliśmy dodatkową pulę egzemplarzy w technice druku cyfrowego.
Co powinieneś wiedzieć o usłudze "Druk na żądanie":
- usługa obejmuje tylko widoczną poniżej listę tytułów, którą na bieżąco aktualizujemy;
- cena książki może być wyższa od początkowej ceny detalicznej, co jest spowodowane kosztami druku cyfrowego (wyższymi niż koszty tradycyjnego druku offsetowego). Obowiązująca cena jest zawsze podawana na stronie WWW książki;
- zawartość książki wraz z dodatkami (płyta CD, DVD) odpowiada jej pierwotnemu wydaniu i jest w pełni komplementarna;
- usługa nie obejmuje książek w kolorze.
W przypadku usługi "Druk na żądanie" termin dostarczenia przesyłki może obejmować także czas potrzebny na dodruk (do 10 dni roboczych)
Masz pytanie o konkretny tytuł? Napisz do nas: sklep[at]helion.pl.
Książka, którą chcesz zamówić pochodzi z końcówki nakładu. Oznacza to, że mogą się pojawić drobne defekty (otarcia, rysy, zagięcia).
Co powinieneś wiedzieć o usłudze "Końcówka nakładu":
- usługa obejmuje tylko książki oznaczone tagiem "Końcówka nakładu";
- wady o których mowa powyżej nie podlegają reklamacji;
Masz pytanie o konkretny tytuł? Napisz do nas: sklep[at]helion.pl.


Oceny i opinie klientów: Genomics in the Azure Cloud Colby T. Ford (0)
Weryfikacja opinii następuję na podstawie historii zamówień na koncie Użytkownika umieszczającego opinię. Użytkownik mógł otrzymać punkty za opublikowanie opinii uprawniające do uzyskania rabatu w ramach Programu Punktowego.